高校生の三原杏は、札幌郊外にある私設図書館、通称「図書館荘」にホームステイして夏休みを過ごしていた。無愛想な館主・セージのルールを破った杏は、真夜中の図書館に偶然迷い込む。そこは、忘れられた物語の幻影が彷徨う、朽ち果てた異世界「図書館迷宮」だった。迷宮の司書となった杏は、「図書館の本をもっと多くの人に読んでもらうことで、迷宮を復活させよ」と命じられる。美しい自然に囲まれた古い館で、気弱な少女の物語は色づき始め、忘れられた物語と彼女の世界に新たな命を吹き込む。